Jacob Stern氏のリツイート: @sytsesの経時的シングルセルデータの最も強力なユースケースの一つは、治療に応じて腫瘍微小環境がどのように進化したかを分析することです。
Jacob Stern氏が、Syd'sがん治療の3つのフェーズにおける経時的シングルセルデータと空間トランスクリプトミクス解析の結果を報告。Couloir Bio社のIncytrツールを用いた解析により、好中球が免疫抑制性のN2状態に陥り、ガレクチン-1/CD45/STAT3経路を介して腫瘍の免疫回避に寄与していたことが明らかになった。また、FAPI放射線療法によってFAP+線維芽細胞が除去され、このシグナル伝達ネットワークが部分的に回復した可能性が示唆されている。さらに、10x Xeniumプラットフォームによる空間データ解析では、経時的なT細胞の蓄積と腫瘍内への浸潤増加、および腫瘍溶解ウイルス（AdAPT-001）の腫瘍床でのシグナルが確認された。
背景メモ
Sridhar "Sid" Ramaswamy（@sytses）は、著名なベンチャーキャピタリスト（初期にはFlagship Pioneeringの創設メンバー、Current Healthの創業者など）。2023年に高悪性度の筋肉侵潤性膀胱癌と診断され、自らの癌治療の経過をオープンサイエンスのプロジェクトとして公開している。このプロジェクトでは、治療の各段階（T1〜T3）で採取した腫瘍検体をシングルセル解析・空間トランスクリプトミクスで分析し、治療への応答や免疫抑制機構を解明しようとしている。
- 癌治療の経過はパブリックに共有されており、世界中の研究者がデータにアクセスできる。これにより、従来は治験や論文化後にしか得られなかったような詳細な分子レベルの治療応答データがリアルタイムで公開されている。
- 今回の分析で特に注目されているのが好中球の振る舞い。抗PD-1/PD-L1免疫チェックポイント阻害薬（免疫療法）に抵抗する形で、腫瘍を守る方向に働く好中球サブタイプ（N2）が確認された。
- T3フェーズで行われたFAPI放射線療法は、癌関連線維芽細胞（FAP+細胞）を標的とする新規治療。この治療後に好中球のプロ腫瘍シグナルが部分的に後退したことから、線維芽細胞と好中球の連携が免疫抑制に関与していた可能性が示唆されている。
- 分析ツール「Incytr」はリガンド-受容体-エフェクターシグナル伝達を解析する計算手法。Couloir Bioはこの分野のスタートアップ。
- 10x Xeniumは空間的遺伝子発現解析プラットフォーム。腫瘍組織切片上でどの遺伝子がどこで発現しているかを可視化できる。